鄉村衛生一體化管理系統可實現縣衛生局——鄉鎮衛生院（社區衛生服務中心）——衛生室（社區服務站）三J聯網。同時實現了新農合患者當場刷卡報銷，全縣就診者健康檔案信息共享，已經藥品的統一采購、定價與管理。

各鄉鎮醫院微機管理員從衛生局L取系統管理員賬號后，便可負責區域內衛生室醫生系統賬戶、藥品字典以及項目字典的維護工作。

衛生室微機管理員可根據醫院分配賬戶，可進行系統登陸、人員添加、藥品盤點、處方劃價報銷、日結賬、月底農合報銷等工作。

醫院可啟動在線藥庫對下屬衛生室進行日常業務往來、醫院采購藥品入庫、醫院藥品網上出庫、衛生室網上入庫進行管控。

          村室處方業務：村室醫生開方、村室處方查詢、醫生用藥規范。

    村室藥品管理：村          室藥品錄入申請（錄入查詢、醫院審核）、村室庫存藥品管理（盤點、調價申請）。

         村室業務統計：村室財務匯總、村室工作量統計。

         村室農合門診直報：農合村室報銷、農合報賬統計。